- Zack Fair: Es el protagonista principal del juego. Simpático, extrovertido, divertido y muy seguro de sí mismo. Su sueño es llegar a ser un héroe, por tanto llegó a Midgar desde su tierra natal, Gongaga, para entrar en la organización de SOLDADO, donde consiguió ascender a SOLDADO de 1º Clase. Se convierte en el mejor amigo de Cloud y también mantiene una especie de relación amorosa con Aerith. Es el discípulo de Angeal, del que más tarde heredará su Espada Mortal (Buster Sword) y siente gran admiración por Sephiroth, llegando incluso a hacer algunas misiones con él. Murió a manos de Shin-Ra defendiendo su libertad y la de Cloud cuando ambos escapaban del laboratorio genético de Hojo en el que estuvieron encerrados .
- Cloud Strife: Llegó a Midgar desde su tierra natal, Nibelheim, con la intención de entrar en SOLDADO, aunque sólo llegó a convertirse en miembro de infantería debido a sus pocas aptitudes. Es ahí donde conoce a Zack y ambos llegan a convertirse en mejores amigos. Nada que ver con el Cloud de Final Fantasy VII, ya que en Crisis Core es un chico tímido, inseguro y de buen corazón que se marea en los viajes. Tras el incidente en el reactor del Monte Nibelheim, él y Zack se pasan cuatro años siendo especímenes de laboratorio del Dr. Hojo, siendo expuestos a grandes cantidades de energía Mako, por lo que Cloud, mucho más débil que Zack, pierde la mayoría de sus recuerdos.
- Sephiroth: Considerado un héroe y el mejor SOLDADO de 1º Clase. Durante la historia, él, Zack, Cloud y otro SOLDADO son mandados a Nibelheim en una misión de investigación. Sephiroth descubre que forma parte del Proyecto Jénova, por tanto es el producto de un experimento a partir de las células de Jénova, un organismo proveniente del espacio que llegó al mundo hace miles de años. Esta información le hace perder la cordura totalmente, se aísla y empieza a luchar contra Shin-Ra para devolver a Jénova, su "madre" el mundo que le pertenece. En el reactor del monte Nibelheim, Sephiroth mantiene una pelea con Zack, aunque posteriormente es Cloud quien le derrotara lanzándolo a la Corriente Vital.
- Angeal Hewley: Nació en Banora. SOLDADO de 1º Clase y mentor de Zack, que deserta de SOLDADO en medio de una misión en Wutai tras enterarse que él también es un monstruo creado por el Proyecto G. Tiene un fuerte concepto de los sueños y el honor, y es el dueño original de la Espada Mortal (Buster Sword). Tras una serie de incidentes, Zack se ve obligado a derrotarle, y antes de morir, le entrega su espada, la cual posteriormente Zack se la entregará a Cloud, también en el momento de su muerte.
- Génesis Rhapsodos: Nació en Banora. SOLDADO de 1º clase y amigo íntimo de Sephiroth y Angeal. Al igual que Angeal, también forma parte del Proyecto G. Es el primero en desertar de SOLDADO cuando se da cuenta que es un monstruo, y posteriormente se lleva a Angeal con él. Tiene una especie de obsesión con la obra de teatro LOVELESS, ya que siempre está recitando sus pasajes.
- Aerith Gainsborough: Joven alegre, y a veces infantil y caprichosa. Le encanta cuidar flores y siempre está en la iglesia abandonada de los suburbios de Midgar. Zack la convence para que venda flores en Midgar y ella acepta. Inicia una especie de relación amorosa con él. Es descendiente de los Ancestros, por eso los Turcos la vigilan tan de cerca. Cuando Zack desaparece durante cuatro años, Aerith no para de mandarle cartas (89 en total, las cuales obviamente, no recibió excepto la última). Luego se la ve como personaje del Final Fantasy VII, iniciando otra especie de relación amorosa con Cloud
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