La historia original de Half-Life se desarrolla en Black Mesa, Nuevo México, una instalación inspirada a medias en el Área51 y El Álamo. El protagonista es Gordon Freeman, que, curiosamente, no dice una sola palabra (gracias a habilidosas técnicas del guión), un físico teórico del MIT, que será uno de los pocos supervivientes de un gran accidente que lo pone todo patas arriba. El gobierno intentará por todos los medios destruir todo vestigio de la compañía y sus actividades mandando al ejército, pero la sorpresa es que el accidente crea diversas grietas en el espacio-tiempo, portales que dan paso a unos alienigenas llamados Xen. Los pocos científicos supervivientes ayudaran a Freeman para que viaje a ese mundo y destruya al "gran alienígena líder" (por llamarlo de alguna forma) que estaba manteniendo abiertas las grietas dimensionales.
Aparentemente, muy convencional y predecible ¿no?. Lo curioso es que según progresa Freeman en su intento por salvar su vida, un tipo trajeado (que los fans conocemos como G-Man) va monitorizando personalmente sus progresos. Se le ve en puntos diversos, muy separados en el tiempo, siempre con su maletín, y si le "pillas", hace un gesto de colocarse el nudo de la corbata, y camina hacia algún sitio inaccesible. Tras la victoria de Freeman G-Man establecerá un contrato verbal con él, le dejará en un estado de estasis límbica para que pueda seguir con su "trabajo" cuando sea necesario en el futuro.
20 años después la humanidad estará oprimida por un "imperio multidimensional" conocido como "Combine", en una hipotética Tierra en la cual este imperio esta recolectando y cosechando los recursos mundiales (incluyendo como recurso a la raza humana). La resistencia más importante se encuentra en Ciudad 17, una ciudad situada en algún lugar de Europa del Este, en la cual dicho imperio a "plantado" su central: un gigantesco edificio en altura, y en la última planta "habitable" el despacho de "el administrador", un humano que aparenta tener algún trato con todas estas razas de seres raros. Toda la resistencia ha oído hablar de Freeman y le reconocerán como líder cuando vuelve de "no-se-sabe-dónde-ha-estado-en-20-años".
A partir de aquí empieza todo el meollo de la historia, en la cual se empieza a hablar del buque Borealis y de Aperture Science, la empresa que inventa la máquina de portales temporales que da nombre al juego Portal, y que es motivo de tantas alabanzas y éxitos en la industria del videojuego.
Portal es un experimento científico que se desarrolla en Aperture Laboratories, una empresa situada en Michigan y fundada en 1953 que está considerada la competencia directa de Black Mesa. La historia del videojuego trata de dicha empresa, cuyo experimento principal es un robot (o mejor "una" robot) con inteligencia artificial sublime y sistema operativo anexo llamada GladOS, proyecto que terminó alrededor del año 2000. El día de la activación del sistema, la IA libera una neurotoxina que inunda la instalación. Está conectada a todas partes, incluso, mejor dicho, la instalación es ella, y sólo quiere jugar con la protagonista (que tampoco dice ni mu nunca, como Freeman), llamada Chell, por medio de cada vez más complejos puzzles. Chell lleva acoplado a las piernas un sistema que le permite caer desde gran altura sin partirse las piernas y en conjunción con el arma de portales, el juego permite todo tipo de malabarismos. La esencia de este juego, sin embargo, es de puro cachondeo y comedia inteligente, no como Half-Life, que es más bien un drama cojonudo.
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