Sinceramente, yo creo que como viene siendo costumbre en el personaje, una cosa es lo que parece que hace y otra lo que hace en realidad.
Según parece en el KH 3D, este dice que
ya soy medio Xehanort, y lo de "medio" me parece bastante significativo
Por eso tengo la impresión de que todavía actúa independientemente puesto que aún no está completamente poseído. Además en los comentarios que tiene y en la forma de comportarse, todavía es como lo hemos visto en los otros videojuegos, es decir, bastante a su aire y dado a reírse de los demás. Porque por el contrario
Saix, que también está poseído por Xehanort, cuando aparece Lea para salvar a Sora, ni siquiera da muestras de reconocerle ni para bien ni para mal, sino como si se tratara de otra persona, o únicamente fuera una marioneta cumpliendo órdenes. Aunque por otro lado, esto podría ser también típico de Saïx, pero...
Por eso a mi me da de que sigue siendo él mismo, al menos en parte.
Por otro lado, yo creo que no tiene intención de dejarse controlar por completo, porque como ya hemos dicho, realmente no es leal a Xehanort, sino únicamente a sí mismo, y si se pone de su parte cuando le interesa, no parece que le interese demasiado perder su corazón/identidad o lo que sea que pierdas al transformarte en Xehanort. Así que a mi me da más la impresión de que le está siguiendo un poco el juego y porque cree que así podrá conseguir lo que persigue, pero no tiene la intención de llegar hasta el final. Pero claro, esto es también una teoría...